مطالعه ی فارماکوفور، الحاق کردن و غربالگری مجازی بعضی از بازدارنده های اینتگراز

در این پایان نامه، فارماکوفور، الحاق مولکولی، غربالگری مجازی و مطالعات adme در مجموعه متنوعی از بازدارنده های انتقال رشته اینتگراز به منظور پیش بینی فعالیت زیستی بالقوه ترکیبات و پیدا کردن ترکیبات پیشرو احتمالی از غربالگری مجازی انجام شد. ویروس نقص ایمنی انسانی، نوع 1(hiv-1) اینتگراز، یکی از سه آنزیمی است که توسط ژنوم hiv برای تکثیر ویروسی موثر و در نتیجه هدف جدی برای مداخلات درمانی در توسعه درمان ایدز کد گذاری شده است. ویژگی های شیمیایی بر اساس مدل فارماکوفور (با استفاده از الگوریتم hyporefine) از انواع مختلف بازدارنده های انتقال رشته اینتگراز انجام شد. بهترین مدل فارماکوفور، hypo1 برای هر دو مدل فارماکوفور a و b، که بترتیب بهترین ضریب همبستگی (92/0) و (92/0) و کمترین مقدار ریشه مربعات میانگین فاصله (76/0) و (78/0) بدست آمد. مدل فارماکوفور a شامل سه ویژگی پذیرنده ی پیوند هیدروژنی و یک ویژگی آبگریز آروماتیک و همچنین 4 ویژگی حجم حذف شده و مدل فارماکوفور b شامل دو ویژگی پذیرنده ی پیوند هیدروژنی(چربی)، یک دهنده پیوند هیدروژنی و یک ویژگی آبگریز آروماتیک با 4 ویژگی حجم حذف شده می باشد. بر اساس خصوصیات شبه داروها، "پنج قاعده لیپینسکی"، ترکیبات پایگاه داده های شیمیایی nci و مدل های فارماکوفور ارزیابی شده برای جستجو سه بعدی ترکیبات باقی مانده مورد استفاده قرار گرفت. سپس مطالعات الحاق و بررسی برهمکنش های اتصالات بازدارنده ها و پیدا کردن صورت بندی ترکیب فعال زیستی که مدل های فارماکوفور را تایید می کنند، انجام شد. در نهایت روش gold به عنوان روش غربالگری بر اساس ساختار مورد استفاده قرار گرفت و ترکیبات بر اساس gold score رتبه بندی و روش xscore دوباره رتبه بندی شدند. با توجه به این روش ها 5 ترکیب انتخاب شدند که مطالعات adme روی این 5 ترکیب انجام و با محدوده ی استاندارد مقایسه شد.